Ο άγιος Κύριλλος γεννήθηκε περί το 375 (ή 380) στην Αλεξάνδρεια από πλούσιους γονείς της ελληνικής κοινωνίας της πόλεως. Διακρινόταν για την ευστροφία, την επιμονή, την ορμητικότητα και το ανυποχώρητο στις επιδιώξεις των σκοπών για τους οποίους αγωνιζόταν.
Τέθηκε υπό την προστασία του θείου του Θεοφίλου, αρχιεπισκόπου Αλεξανδρείας, ο οποίος του εξασφάλισε ολοκληρωμένη μόρφωση στην ρητορική και στην φιλοσοφία, πρωτίστως όμως στην Αγία Γραφή, την οποία ο Κύριλλος γνώριζε σχεδόν απ’ έξω και ήταν σε θέση να χρησιμοποιεί με θαυμαστό τρόπο. Φοίτησε στην Κατηχητική Σχολή και είχε δάσκαλο τον Δίδυμο τον Τυφλό.
Σε ηλικία περίπου 18 ετών, ο θείος του τον έστειλε στην έρημο της Νιτρίας για να συμπληρώσει την μόρφωσή του με την ασκητική επιστήμη. Εκεί ασκήτευσε για πέντε χρόνια στη Μονή του Αγίου Μακαρίου υπό την καθοδήγηση του γέροντος Σεραπίωνος. Ο ίδιος έλεγε ότι: «Εις χείρας πατέρων τεθράμμεθα ορθοδόξων και αγίων». Όταν επέστρεψε στην Αλεξάνδρεια, έθεσε την μεγάλη του παιδεία στην υπηρεσία της Εκκλησίας. Ο Θεόφιλος του εμπιστεύθηκε την διδασκαλία της Αγίας Γραφής, τον ενέταξε στον κλήρο και τον προετοίμαζε για διάδοχό του. Ο Κύριλλος τον συνόδευσε στην Βασιλεύουσα και παραβρέθηκε στην παράνομη σύνοδο της Δρυός (403), η οποία καταδίκασε αδίκως τον άγιο Ιωάννη τον Χρυσόστομο. Έκτοτε αρνιόταν για μεγάλο χρονικό διάστημα να μνημονεύσει το όνομα του αγίου ιεράρχη στα δίπτυχα – περισσότερο λόγω της προσήλωσής του στην μνήμη του θείου του, παρά εξαιτίας δογματικής αντίθεσης προς τον Χρυσόστομο -και μόνο μετά από επίμονες παροτρύνσεις του οσίου Ισιδώρου του Πηλουσιώτου και, καθώς λέγεται, από όραμα της Θεοτόκου, η οποία είχε στο πλευρό της τον άγιο Ιωάννη τον Χρυσόστομο, συναίνεσε να αποκαταστήσει το όνομά του και έγινε μάλιστα ένθερμος υποστηρικτής της τιμής του (417).
Όταν εκοιμήθη ο Θεόφιλος (412), ο Κύριλλος χειροτονήθηκε αμέσως αρχιεπίσκοπος Αλεξανδρείας. Αμέσως επιδόθηκε στην στερέωση της ενότητας της Εκκλησίας του, που βρισκόταν τους χρόνους εκείνους σε πλήρη άνθιση, αλλά απειλούνταν από ποικίλα διαιρετικά στοιχεία. Αντιμετώπισε τις διάφορες αιρέσεις και σχίσματα, υπολείμματα των οποίων ακόμα υπήρχαν.
Για να καταπολεμήσει την ειδωλολατρία και τις δεισιδαιμονίες, που παρέμεναν ριζωμένες στους κόλπους του λαού, μετέφερε τα λείψανα των αγίων Μαρτύρων Κύρου και Ιωάννου από την Αλεξάνδρεια στο ειδωλολατρικό μαντείο στην Μένουθι, κοντά στην Κανώπη, το οποίο ήταν περιβόητο για τους χρησμούς, που έδιναν οι δαίμονες, και μπήκε ο ίδιος επικεφαλής της λιτάνευσης, που διήρκεσε μία ολόκληρη εβδομάδα (414).Στράφηκε κατά των Ιουδαίων που είχαν την υποστήριξη του έπαρχου Ορέστη και συμπεριφέρονταν προκλητικά στους χριστιανούς.
Ο άγιος επίσκοπος αφιέρωνε μεγάλο μέρος του χρόνου του στην συγγραφή ερμηνευτικών έργων, τα οποία σχολίαζαν συστηματικά, σύμφωνα με τον αλληγορικό και ηθικό τρόπο, όλες τις λεπτομέρειες της Παλαιάς Διαθήκης, στην οποία διέκρινε το «Μυστήριο του Χριστού φανερωμένο εν αινίγμασι». Αγωνίσθηκε σθεναρά κατά του Νεστορίου που δημιούργησε την αίρεση του Μονοφυσιτισμού. Ο Νεστόριος δεν δεχόταν την ένωση των δύο φύσεων του Χριστού, θείας και ανθρώπινης σε μία υπόσταση, και αποδεχόταν μόνο συνοίκηση ή συνάφειά τους και θεωρούσε την Παναγία όχι Θεοτόκο αλλά «Χριστοτόκο» ή «ανθρωποτόκο».
Πληροφορούμενος την νέα αυτή αίρεση, ο άγιος Κύριλλος εξέθεσε επισήμως σε πασχάλιο επιστολή του ότι όντως η Παρθένος γέννησε τον Ενανθρωπήσαντα Υιό του Θεού και ότι πρέπει συνεπώς να ονομάζεται δικαίως Θεοτόκος. Ο όρος Θεοτόκος συνοψίζει άριστα την ενότητα του προσώπου του Χριστού.
Απηύθυνε στον αυτοκράτορα Θεοδόσιο Β’, στη σύζυγό του και στις αδελφές του μία πραγματεία περί ορθής πίστεως, και απέστειλε στον πάπα Ρώμης, Κελεστίνο, μία έκθεση για τις πλάνες του Νεστορίου. Ο πάπας συνεκάλεσε Σύνοδο στην Ρώμη, η οποία τις καταδίκασε. Ο άγιος Κύριλλος συγκάλεσε Σύνοδο των επισκόπων της Αιγύπτου, η οποία συνέταξε έκθεση του χριστολογικού δόγματος, ακολουθούμενη από τους δώδεκα Αναθεματισμούς των προτάσεων του Νεστορίου, τους οποίους ο Κύριλλος είχε απευθύνει στον αιρετικό στην Τρίτη Επιστολή του.
Η κατάσταση ανάγκασε τον αυτοκράτορα Θεοδόσιο να συγκαλέσει το 431 Οικουμενική Σύνοδο στην Έφεσο. Καθώς ο Αρχιεπίσκοπος Αντιοχείας Ιωάννης και η συνοδεία του αργούσαν, αποφασίστηκε να ανοίξει δίχως αυτούς η πρώτη συνεδρίαση. Προήδρευε ο άγιος Κύριλλος, ως αναπληρωτής του πάπα Ρώμης, οι λεγάτοι του οποίου είχαν επίσης καθυστερήσει. Μετά την ανάγνωση του Συμβόλου της Νικαίας, της Επιστολής του Κυρίλλου προς Νεστόριο και της απαντήσεως του τελευταίου, οι διακόσιοι περίπου παρόντες Πατέρες διακήρυξαν την νομιμότητα του «Θεοτόκος» και καθαίρεσαν τον Νεστόριο, ο οποίος είχε αρνηθεί τρεις φορές να παρευρεθεί.
Μόλις έφθασαν στην Έφεσο, πέντε ημέρες αργότερα, ο Ιωάννης και η συνοδεία του, προσβεβλημένοι από το γεγονός ότι δεν τους περίμεναν, συγκρότησαν σύνοδο με σαράντα τρεις επισκόπους και κατηγορώντας τον Κύριλλο ότι ανανεώνει την αίρεση του Απολλιναρίου, αποφάσισαν την καθαίρεσή του, χωρίς άλλη διαδικασία, καθώς και εκείνη του Μέμνονος Εφέσου. Η Οικουμενική Σύνοδος μετατράπηκε έτσι σε ένα βίαιο και εμπαθή αγώνα ανάμεσα στα δύο μέρη, που προσπαθούσαν να προσελκύσουν την προστασία του αυτοκράτορα. Ευρισκόμενος μακριά και λάθος πληροφορημένος, ο Θεοδόσιος, μετά από μάταιες προσπάθειες για συμφιλίωση, διέταξε να συλληφθούν ο Κύριλλος και ο Μέμνων, κηρύσσοντας ταυτόχρονα τον Νεστόριο αιρετικό, και έδωσε εντολή να διαλυθεί η Σύνοδος. Με επέμβαση της ευσεβούς Πουλχερίας, αδελφής του αυτοκράτορα, ο Θεοδόσιος κάλεσε να εμφανισθούν ενώπιον του αντιπρόσωποι των δύο πλευρών. Τότε αφού τους άκουσε αποδέχθηκε τις θέσεις των Ορθοδόξων.
Έχοντας ολοκληρώσει το έργο, που του ανέθεσε ο Θεός για την οικοδομή της Εκκλησίας του, ο άγιος Κύριλλος κοιμήθηκε ειρηνικά στις 9 Ιουνίου 444. Τιμήθηκε σύντομα ως άγιος και εγκωμιάσθηκε ως «φωστήρας του κόσμου», «ανίκητος υπέρμαχος της Ορθοδοξίας» και ο Άγιος Αναστάσιος ο Σιναΐτης τον ονόμασε «Σφραγίδα των Πατέρων». Η Εκκλησία θέλοντας να τιμήσει την μνήμη των δύο Μεγάλων Πατέρων και Αρχιεπισκόπων Αλεξανδρείας Αθανασίου και Κυρίλλου όρισε το συνεορτασμό τους στις 18 Ιανουαρίου.