Τότε, εν έτει 1951, η Συνοδεία του Οσίου Ιωσήφ του Ησυχαστή αποφάσισε να μεταφερθεί στα ησυχαστικά κελιά της Νέας Σκήτης, κοντά στον Πύργο, όπου το κλίμα ήταν ηπιότερο και οι αχθοφορίες μικρότερης κλίμακας και έντασης.
Ο μοναχός Ιωσήφ έμεινε 12 χρόνια κοντά στο μακάριο Γέροντα Ιωσήφ τον Ησυχαστή μέχρι την οσιακή κοίμηση του δεύτερου ανήμερα της Κοιμήσεως της Θεοτόκου το 1959. Στο διάστημα αυτό ήρθαν ακόμη και συγκαταριθμήθηκαν στη συνοδεία τους ο γέροντας Χαράλαμπος,
μετέπειτα Ηγούμενος της Ιεράς Μονής Διονυσίου, ο γέροντας Εφραίμ, μετέπειτα Ηγούμενος της Μονής Φιλόθεου, ο οποίος επάνδρωσε τις Μονές Καρακάλου, Κωσταμονίτου, Ξηροποτάμου με Ηγουμένους, δικά του πνευματικά παιδιά και ο οποίος σήμερα είναι πνευματικός πατέρας των Ηγουμένων των προαναφερόμενων Μονών και έχει ιδρύσει 20 περίπου Μονές στην Αμερική. Ο μοναχός Ιωσήφ ξανασυναντήθηκε με τους προστάτες του Αγίους Αναργύρους στο ομώνυμο κελί της Νέας Σκήτης, συνασκούμενος με τον π. Θεοφύλακτο από το 1951 έως το 1959.
Εκείνη την περίοδο, λόγω της επιδείνωσης της υγείας του και των συνεχών αιμοπτύσεων πήγε στη Θεσσαλονίκη ώστε να υποβληθεί σε σχετικές με το πρόβλημα του, ιατρικές εξετάσεις. Παρενθετικά και προκειμένου να επιχειρηθεί μία αντικειμενικότερη προσέγγιση της σκληρής δοκιμασίας υγειάς με την οποία αναμετριόταν καθημερινά ο μοναχός Ιωσήφ, θα αντλήσουμε γνώση απευθυνόμενοι στην ιατρική επιστήμη η οποία αποσαφηνίζει ότι, η γαστρορραγία είναι παθολογική κατάσταση, που χαρακτηρίζεται από αιμορραγία στομάχου και στις περισσότερες περιπτώσεις απαιτεί επιθετική ενδονοσοκομειακή αγωγή.
Η παθολογική αυτή κατάσταση είναι συχνά σιωπηλή, αλλά άμεσα απειλητική για την ζωή του ασθενούς, λόγω της ραγδαίας πτώσης του αιματοκρίτη, της πίεσης του αίματος, της αιμάτωσης ζωτικών οργάνων. Πόνος στην κοιλιά, καφέ, καφεοειδής ή κόκκινος έμετος, μαύρα κόπρανα είναι συμπτώματα της γαστρορραγίας ενώ δεν είναι σπάνιο το φαινόμενο, η γαστρορραγία να έχει ως μόνο σύμπτωμα τα μαύρα κόπρανα (μέλαινες κενώσεις).
Η επιστροφή του, λοιπόν, συνοδευόταν και από την κατηγορηματική γνωμάτευση των γιατρών ότι, το πρόβλημα της υγείας του έχρηζε χειρουργικής επέμβασης. Παρόλα αυτά, όπου ο Θεός βούλεται νικάτε φύσεως τάξις και η εξέλιξη της δοκιμασίας αυτής έλαβε ξεχωριστή και θαυμαστή τροπή: «Για μένα, ο Γέρων Θεοφύλακτος, όταν έπασχε το στομάχι μου, παρεκάλεσε πολύ τον άγιο Παντελεήμονα και τον είδε στο ναό του, και του είπε ότι θα γίνω καλά και να μη κάμω εγχείρηση την οποίαν είχαν αποφασίσει οι θεράποντες ιατροί μου. Είχα έλκος προχωρημένης μορφής και καμία δίαιτα ούτε φάρμακο μου πρόσφερε τίποτε. Μετά από την αποχή από όλα όσα με έβλαπταν περισσότερο από δυο χρόνια δεν υπήρχε άλλη λύση από την εκτομή. Τότε επενέβη ο ένδοξος μεγαλομάρτυρας του Χριστού, ο συμπαθέστατος Παντελεήμων, και παράγγειλε στον γέροντα Θεοφύλακτο να μου πει επιτακτικά να μη κάμω εγχείρηση, άλλα να το αφήσω στην πρόνοια της Παναγίας μας. Αμέσως θεραπεύθηκα τελείως, για να το διαπιστώσω δε και πρακτικά επισκέφθηκα τους θεράποντες ιατρούς μου, οι οποίοι γνώριζαν την ασθένειά μου σε όλη της την έκταση για να μου πουν τώρα σε ποιά κατάσταση βρίσκομαι. Μου έκαμανακτινοσκόπηση και δεν βρήκαν απολύτως τίποτε, παρά μόνο μικρή ουλή παλιάς επουλωμένης πληγής». Ο Γέροντας έτρεφε ιδιαίτερη αγάπη και ευλάβεια στον Άγιο και Ιαματικό Παντελεήμονα, του οποίου είχε φιλοτεχνήσει και εικόνα, δηλώνοντας μάλιστα ότι ο Άγιος ήταν προστάτης και της οικογένειάς του. Κάνοντας μια σύντομη αναδρομή στο παρελθόν, θα αναφέρουμε ένα γεγονός που αποδεικνύει με εναργέστατο τρόπο ότι, η Θεία παρουσία και τα θαυμαστά γεγονότα δεν έλειψαν ποτέ από τη ζωή τόσο του γέροντα όσο και της οικογένειάς του.