Η τιμία κάρα του Αποστόλου Θωμά μεταφέρθηκε, από την Ινδία, όπου εμαρτύρησε, αρχικά στην Έδεσσα της Συρίας. Από εκεί έγινε η ανακομιδή της στην Κωνσταντινούπολη και τοποθετήθηκε από τον
αυτοκράτορα Κωνστάντιο, τον υιό του Μ. Κωνσταντίνου, το 337 μ.Χ. στο Ναό των Αγίων Αποστόλων. Από τον αυτοκράτορα Αλέξιο Κομνηνό δόθηκε ως δώρο στον Όσιο Χριστόδουλο, κτίτορα της Ιερά Μονή του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου στην Πάτμο, όπου βρίσκεται μέχρι σήμερα.
Η Τιμία Κάρα του Αγίου Θωμά φυλάσσεται μέσα σε μία μεγάλη ανάγλυφη ασημένια κύλικα, ενώ ασημένιες λάμες διακοσμημένες με πολύτιμους λίθους περιτρέχουν την κάρα σταυροειδώς και ίσως είναι βυζαντινές.
Στις παλιές ημέρες οι Έλληνες καπεταναίοι όταν έφταναν στο Μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη, αγκυροβολούσαν στη Σκάλα και να πήγαιναν μέχρι το Μοναστήρι να ζητήσουν από τους μοναχούς το λείψανο του κρανίου του Αγίου Θωμά πάνω στα πλοία τους για μια ευλογία για να τους κρατήσει ασφαλείς καθώς ταξίδεψαν την επικίνδυνη θάλασσα.
Ο Απόστολος Θωμάς εορτάζεται στην Πάτμο στις 6 Οκτώβρη, καθώς και την Κυριακή του Αγίου Θωμά που είναι επτά ημέρες μετά το Πάσχα..