Κοιμήθηκε εν Κυρίω στις 15 Αυγούστου 1579, γιορτή της Κοιμήσεως της Θεοτόκου και της Μονής Του, πράγμα που παρακαλούσε και ο ίδιος στην προσευχήΤου. Ενταφιάσθηκε νότια του Καθολικού της Μονής. Μετά από δύο χρόνια κάποια δαιμονισμένη γυναίκα που ποθούσε την θεραπείατης ήρθε στην Μονή.
Κάποια νύκτα ο πονηρός δαίμονας κατακρήμνισε την δύστυχη γυναίκα στο πηγάδι της Μονής για να την πνίξει. Εκείνη την στιγμή οι μοναχές άκουσαν την γλυκιά φωνή του Αγίουνα τις προτρέπει να τρέξουν στην αυλή. Εκεί βρήκαν την γυναίκα να στέκεται βρεγμένη και με ανοικτά τα πόδια στα χείλη του πηγαδιού, διηγούμενη με δάκρυα ό,τι έγινε για την σωτηρία της με την μεσιτεία του θαυματουργού Αγίου. Εκείνος την τράβηξε από τα μαλλιά και την ελευθέρωσε από το ακάθαρτο πνεύμα…
Το μεγάλο αυτό θαύμα και μερικά αλλα οδήγησαν την τοπική Εκκλησία στην απόφαση να κάνει την εκταφή του Οσίου Πατρός. Στις 20 Οκτωβρίου 1581 η γη απέδωσε το λείψανό του σώο και ευωδιάζον. Δυσπιστίες, διαφωνίες αλλά και διαμάχες Ορθοδόξων και Ρωμαιοκαθολικών -οι οποίοι στενοχωρήθηκαν από το μεγάλο θαύμα της αφθαρσίας του Αγίου- ανάγκασαν τον Πατριαρχικό Έξαρχο, Μητροπολίτη Φιλαδελφείας Γαβριήλ Σεβήρο να κάνει ξανά την ταφή του ιερού σκηνώματος, ώσπου να περάσει η κανονική τριετία. Στις 20 Οκτωβρίου 1582 έγινε η δεύτερη ανακομιδή του Αγίου.
Έκτοτε προσκυνείται για περισσότερα από πεντακόσια χρόνια μαρτυρώντας με την αφθαρσία, την ευωδία και την θαυματουργία του τα μεγαλεία και την δόξα του Θεού. Το λείψανο είναι ντυμένο με τα ιερατικά άμφια της ταφής του Αγίου και εκτίθεται προς προσκύνηση μέσα σε κρυστάλλινη λειψανοθήκη, η οποία ενσωματώνεται σε μεγαλύτερη, αργυρή περίτεχνη λάρνακα. Αυτή βρίσκεται στον τάφο του Αγίου, ο οποίος με το πέρασμα του χρόνου περιλήφθηκε στον χώρο του παλαιού Καθολικού της Μονής.
Η αγιοκατάταξη του Αγίου έγινε επί Πατριαρχίας Κυρίλλου Λουκάρεως (1620-1638) μετά από εμπεριστατωμένες αναφορές του πρώην Μαΐνης Ιερεμίου του και επί 50 χρόνια Ηγουμένου της Μονής της Νέας Ιερουσαλήμ. Συνυπέγραψε και ο Επίσκοπος Κεφαλληνίας, Ζακύνθου και Ιθάκης Παχώμιος, πολλοί κληρικοί και μαθητές του Αγίου. Ο Πατριάρχης ανέθεσε στον λόγιο Θεόφιλο Κορυδαλλέα την σύνταξη σχεδίου Πατριαρχικού Σιγιλλίου με το οποίο ο Άγιος γράφτηκε στις αγιολογικές δέλτους της Ορθόδοξης Ανατολικής Εκκλησίας με εορτασμό της μνήμης του την 16η Αυγούστου[4] και εορτασμό της ανακομιδής του τιμίου σκήνους του την 20ή Οκτωβρίου.
Τρία χρόνια μετά την αγιοκατάταξη του Αγίου (το έτος 1625), τυπώθηκε στο Λονδίνο με επιμέλεια και δαπάνη του Επισκόπου Ιερεμίου η πρώτη βιογραφία του Αγίου βάσει της οποίας ο Ιερομόναχος Μητροφάνης ο Ναύπλιος συνέταξε την πρώτη Ακολουθία του Αγίου που τυπώθηκε στην Βενετία το 1704. Άλλη Ακολουθία συνέταξε ο Ζακύνθιος Ιερέας Νικόλαος Γαβριηλόπουλος που εκδόθηκε στην Βενετία το 1718 ενώ στις μέρες μας Ακολουθία και έτερα υμνογραφήματα συνέταξε ο Γέροντας Γεράσιμος Μικραγιαννανίτης.
Η τοπική Εκκλησία γιορτάζει τον Άγιο Γεράσιμο από τις 16 εως τις 23 Αυγούστου[5] και από τις 20 εως τις 26 Οκτωβρίου[6]. Κατά τις ημέρες αυτές, όπως και την περίοδο από το Σάββατο του Λαζάρου ως και την Κυριακή του Θωμά, ο Άγιος παραμένει όρθιος μέσα στην κρυστάλλινη λειψανοθήκη και μπροστά στην νότια θύρα του Ιερού Βήματος. Στις 16 Αυγούστου, στις 20 Οκτωβρίου και την Κυριακή του Θωμά λιτανεύεται εώς τον Μεγάλο Πλάτανο και τοποθετείται επάνω στο Πηγάδι. Τότε συμβαίνει το εξής παράδοξο: υπερχειλίζει το νερό του πηγαδιού και ο πλάτανος χαμηλώνει τα κλαδιά του. Έτσι οι πιστοί παίρνουν νερό για αγίασμα και φύλλα για φυλακτά. Στις 23 Αυγούστου και στις 26 Οκτωβρίου λιτανεύεται ως τα αλώνια. Τότε θεραπεύονται πολλοί ασθενείς, ιδιαίτερα μάλιστα δαιμονισμένοι.