Θεοτοκωνύμιο από τοπωνύμιο. «Μεγάλη έκτασις του λεκανοπεδίου… καλουμένη Κοκκίλια», σημειώνει ο γεωγράφος Μηλιαράκης για περιοχή στην Κεφαλλονιά όπου υπήρχε εκκλησία παλαιότατη, καθώς σώζονται αρχιτεκτονικά μέλη πρώιμης βυζαντινής εποχής. Τον 13ο αι. κατεστράφη γιατί δεν αναφέρεται θρησκευτική εγκαθίδρυση στο Πρακτικό της Λατινικής Επισκοπής Κεφαλληνίας του 1264.
Το 1495, κάτοχοι του «μονηδρίου», του οποίου μεγάλοι εχθροί ήταν οι συχνοί, καταστροφικοί σεισμοί και τα χωρίς σύνδεση υλικά, ήταν οι Πινιατόρροι. Το 1524, επί επισκόπου Λεοντίου, σώζεται πράξη για τα κτήματα του «ιδιωτικού μονηδρίου των Πινιατόρρων εν Γιαλονάδω Κοκκιλίων Κραναίας» και στα τέλη του 16ου αι. μεριμνά για τη μονή ο Θεόδωρος Πινιατόρρος, «ιερέας και πρωτοπαπάς», ο οποίος συνυπέγραψε αίτημα διακήρυξης του Αγίου Γερασίμου, ως μαθητής Του, κατά το 1620 περίπου.
Στις 29/5/1636 ο παπα-Φραγκίσκος Πινιατόρρος παρέδωσε ναό και περιουσία στους «οσιώτατον Ιερεμίαν Τζιτζιλιάνο και Ιωαννίκιον μοναχόν Κουρούκλην», για να συστήσουν εκεί κοινόβιο.
Το 1655, ο μοναχός από τη Μονή Ξηροποτάμου, Ιερεμίας Παιδιάτης, μόνασε στην Κοκκιλιώτισσα και ανέφερε ότι ο ηγούμενος αφιέρωσε τη μονή στο Άγιον Όρος. Ακολούθησαν δικαστικοί αγώνες. Κατά το διάστημα αυτών, οι Πινιατόρροι παραχώρησαν το «μονήδριον» στον ιερέα Ζώσιμο Καραντινό, με δικαίωμα να δίνει μία λαμπάδα. Δικαιώθηκαν, τελικά, δικαστικώς οι Πινιατόρροι, την 1η Ιουλίου 1667 το «μονήδριον» απαντά και πάλι στην κατοχή τους και στις 17 Ιουλίου καθίσταται μετόχι της Μονής του Αγίου Ανδρέα επί ηγουμένου Ιωαννικίου Πετρικού. Η «προσήλωση» αυτή πραγματοποιείται με την υποχρέωση η μονή να έχει εκεί μετοχιάριο (παραηγούμενο). Το διάστημα αυτό ως «κυβερνήτες του μονηδρίου» εμφανίζονται οι διορισμένοι από τον ηγούμενο της Μονής του Αγίου Ανδρέα Ιερεμίας Τσιρακλιάνος, Ιωαννίκιος Κουρούκλης και Φιλάρετος Τρωιάνος.
Οι σεισμοί του 1767 και του 1867 προκάλεσαν ζημιές στο μοναστήρι. Επαναλειτουργούσε όμως και μάλιστα υπήρχε αδελφότητα μοναχών που διέμενε μόνιμα στα Κοκκίλια, καθώς στον Άγιο Ανδρέα η μονή ήταν γυναικεία.
Με τους σεισμούς του 1953 κατεστράφη μεγάλο μέρος της αγιογραφημένης εκκλησίας και ο Μητροπολίτης Γερμανός Ρουμπάνης συγκατένευσε στην επισκευή της. Τις ιερές εικόνες και τα ιερά σκεύη και άμφια διέσωσαν οι καλόγριες του Αγίου Ανδρέα, ανάμεσα στις οποίες η σημερινή καθηγουμένη Ανδριανή. Η εικόνα της Θεοτόκου, έργο αγνώστου του 17ου αι., από τότε μέχρι σήμερα φυλάσσεται στην Ι.Μ. Αγίου Ανδρέα. Παναγία αριστεροκρατούσα, τύπου «Γλυκασμός των Αγγέλων», αντικατέστησε παλαιότερη εικόνα, ο δε μικρός Ιησούς κάθεται σε μαξιλαράκι από δαμασκηνό ύφασμα, σύνθεση που παρουσιάζεται σπάνια στην Κεφαλλονιά. Δυστυχώς, καταστράφηκαν από τον σεισμό ολοσχερώς ο θρόνος με τους αγγέλους και το εξαίρετο ξυλόγλυπτο τέμπλο.
Ο σεισμός του 1983 ήλθε να ολοκληρώσει τον αφανισμό. Ερειπώθηκαν ο ανατολικός τοίχος της εκκλησίας και η κόχη του Αγίου Βήματος, όπου είχαν σωθεί μέχρι τότε σημαντικές αγιογραφίες. Οι σεισμοί του 2014 γκρέμισαν τις πέτρες, οι οποίες με προσοχή επανατοποθετήθηκαν και στερεώθηκαν.
Με οικονομική πρόταση και παντοία στήριξη της Ουρανίας Κρεμμύδα, με κάθε είδους αμέριστη συμπαράσταση και επιμελή καθοδήγηση του γνώστη των εκκλησιαστικών θεμάτων, διευθυντή του Βυζαντινού Μουσείου Αγίου Ανδρέα, Κωνσταντίνου Στάβερη, με αρωγή της ηγουμένης Ανδριανής και των μοναστριών, καθώς και με τη βοήθεια μερίδας πιστών κατασκευάσθηκε εκκλησία, τα θυρανοίξια της οποίας τελέστηκαν στις 10 Μαΐου 2014, με προεξάρχοντα τον μακαριστό Μητροπολίτη Κεφαλληνίας, Γεράσιμο Φωκά. Πλήθος πιστών ακολούθησε τη λιτανεία της ιεράς εικόνος της Θεοτόκου από το παλαιό καθολικό του Αγίου Ανδρέα προς τα Κοκκίλια, η οποία πραγματοποιήθηκε και φέτος, στις 2 Μαΐου, με τον γέροντά μας.
Η Θεοτόκος είναι ιδιαίτερα αγαπητή στην Κεφαλλονιά και οι εικόνες Της έχουν συνδεθεί με την ιστορία του νησιού, γιατί, σε κρίσιμες ώρες, προσέφερε ελπίδα, βοήθεια, παρηγοριά, στήριξη και προστασία. Προσευχές, δεήσεις για διάσωση από καταστροφές και σεισμούς, για κάθε καλό και προκοπή αναπέμπονταν προς τους ουράνιους θρόνους Της. Σε σπίτια παλαιών οικογενειών της Κεφαλλονιάς φυλάσσονται εικόνες Της, καθώς και άλλες σε διάφορους ναούς λατρεύονται με πάνδημες λιτανείες και βαρύτιμα τάματα, αντίδωρα θαυμαστής πραγμάτωσης παρακλήσεων, όπως στον ναό στα Κοκκίλια.